Alueiden kehittämislain (602/2002) 17 §:n mukaan erityisohjelmien valmistelua, yhteensovittamista ja arviointia varten voidaan asettaa yhteistyöryhmiä. Yhteistyöryhmän puheenjohtajan ja muut jäsenet määrää valtioneuvosto. Yhteistyöryhmässä ovat edustettuina jäsenet ohjelman toteuttamisen kannalta keskeisistä ministeriöistä ja muista sidosryhmistä. Alueiden kehittämislain mukaisena yhteistyöryhmänä uudella ohjelmakaudella 2007–2013 tulee toimimaan valtioneuvoston nimeämä osaamiskeskustyöryhmä. Työryhmään kuuluvat jäsenten lisäksi sihteeristö ja pysyvät asiantuntijat.
Tehtävänä edistää ohjelman toimintaa osana kansallista innovaatiopolitiikkaa
Osaamiskeskustyöryhmän tehtävänä on koordinoida kansallisella tasolla osaamiskeskusohjelmatyötä eri hallinnonalojen sekä ohjelmaa toteuttavien osaamisklusterien ja -keskusten välillä. Työryhmä edistää osaamisklusterien ja osaamiskeskusten toimintaa osana kansallista innovaatiopolitiikkaa.
Työryhmä valmistelee, koordinoi ja kehittää kansallisella tasolla osaamiskeskusohjelmatyötä. Tässä tehtävässään se ottaa kantaa osaamiskeskusohjelman kehittämiseen, osaamisklusterien ja osaamiskeskusten määrään ja osaamisklusterien koordinoinnin ja osaamiskeskusten perusrahoituksen sekä tarvittaessa myös muun osaamiskeskusohjelmaa tukevan rahoituksen suuntaamiseen.